I Ishøj Kommune er der to større vandløb; Store vejleå og Lille Vejleå. Store Vejleå ligger i en ådal imellem Ishøj By og Vallensbæk. Åen er over 11 km lang og passerer gennem fire kommuner på sin vej til sit udløb i Ishøj Havn. Åen er oprindelig en fjordarm tilbage fra Stenalderen, og der er fundet spor af bopladser i ådalen. Lille Vejleå ligger i en ådal mellem Ishøj Kommune og Greve Kommune mod syd. Åen har et godt fald og har tidligere været grundlag for flere vandmøller. Ved Pile Mølle kan stadig erkendes elementer af det gamle mølleanlæg. 

Der er gode muligheder for at opleve vandløbene tæt på. F.eks. kan man i Kondiskoven, og i området ved Tranegilde Mose gå ad stier langs Store Vejleå. Ved Torslunde Landsby, ved golfbanen, nedenfor kolonihaverne og ved Ishøj Søpark kan man komme tæt på Lille Vejleå. 

Det er tilladt at sejle i båd uden motor på de nederste strækninger af vandløbene op til Gl. Køge landevej/ Ishøj Strandvej. På Store Vejleå kan også sejles fra Gl. Køge Landevej og til Bækrenden nær Køge Bugt Motorvejen. Der må ikke sejles under broen ved Gl. Køge Landevej/ Ishøj Strandvej. 

Store Vejleå er landskendt for dens bestand af aborrer, og Ishøj Sportsfiskerklub har fiskeretten til åen. Klubben skal kontaktes forud for ønsker om fiskeri. 

De største søer i kommunen ligger i Strandparken; Jægersø og Lille Vejlesø. Der er let adgang til området via stier og små broer. Det er tilladt at fiske i søerne. Andre større søer udgøres af Ishøj Sø og Vallensbæk Sø (ligger på kommunegrænsen til Vallensbæk og Høje Taastrup). Det er muligt at færdes på stier rundt om søerne. Fiskeri er ikke tilladt. 
Spredt i det åbne land udenfor byområderne ligger mindre vandhuller, som er hjemsted for arter af fredede frøer og salamandre.